1) Acesse o Menu "Notas Fiscais Emitidas" no grupo "Ferramentas".
2) Na tela de consulta de NFS-e, selecione as notas fiscais para as quais você deseja emitir a guia de ISS. Após isto, clique em "Emitir guia para estas notas".
3) Selecione a data de vencimento. Escolher uma data após o vencimento do ISS implicará em Multa, Juros e Correção cobradas na própria guia. Clique em "Gerar Cobrança" para confirmar.
4) Sua guia será gerada. Após o pagamento da mesma, as notas fiscais serão consideradas como pagas.